Wszystko zależy, czego kto oczekuje
Wersja sześciocylindrowa na pewno jest bardziej idiotoodporna jeśli chodzi o serwis.
Wersja czterocylindrowa (tutaj należy szukać wersji N46, która ok. 2004 roku zastąpiła wersję N42 - wyeliminowano w niej kilka bolączek N42, m.in. wadliwy napinacz rozrządu. Różni się też jednak wał korbowy, valvetronic, kolektor dolotowy, i kilka innych rzeczy) jest bardziej czuła na zaniedbania w serwisie. Jeśli jednak przeglądy ma wykonywane na czas (chodzi tu głównie o terminowe wymiany oleju i stosowanie oleju zgodnego z zaleceniami producenta), to również potrafi się odwdzięczyć bezawaryjnością (choć trzeba mieć to na uwadze, że przy przebiegach rzędu 200-300 tys. km będzie prawdopodobnie trzeba wymienić rozrząd). Jeśli ktoś szuka E46 jak najtańszej w utrzymaniu, to wersja czterocylindrowa zapewni na pewno mniejsze spalanie, choć przy ewentualnych naprawach części zamienne wcale nie będą tańsze.
Zasadnicza różnica jest jeszcze jedna: 2.0 150 KM (6 cylindrów) będzie w wersji przedliftowej, 2.0 140 KM (4 cylindry) będzie w wersji poliftowej.