SEAT Exeo jest też bardzo bezpiecznym samochodem w swojej klasie. Oprócz nadwozia, którego konstrukcję zoptymalizowano pod kątem odporności na skutki kolizji, pojazd wyposażono standardowo w aż siedem poduszek powietrznych (z których jedna chroni kolana kierowcy), ESP z ABS i elektronicznym systemem rozdziału siły hamowania oraz system monitorowania ciśnienia w ogumieniu. Długa lista zaawansowanego wyposażenia dodatkowego obejmuje między innymi system nawigacji z odtwarzaczem DVD, biksenonowe reflektory z dynamiczną funkcją doświetlania zakrętów oraz nagłośnienie Bose.